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Sospetto variante SARS-CoV-2 Omicron per risultato negativo al test molecolare per il gene N: trovata invece Variante Delta AY.4 con doppia delezione atipica

Paziente non vaccinato ricoverato presso la UOC di Malattie Respiratorie del Policlinico Tor Vergata, positivo per la prima volta al test molecolare dal 25 Novembre 2021, su due targets (gene E e RdRP/gene S), ma più volte negativo al gene N è risultato positivo per Variante Delta AY.4 con doppia delezione atipica.

L’intuizione della Prof.ssa Paola Rogliani che ha in cura il paziente, è stata quella di richiedere il sequenziamento, per un sospetto di variante atipica, come la nuova omicron. Grazie alla collaborazione tra l’Unit di Microbiologia del Policlinico, diretta dal Prof. Sandro Grelli, e la Cattedra di Virologia del Dipartimento di Medicina Sperimentale dell’Università di Roma “Tor Vergata”, diretta dalla Prof.ssa Francesca Ceccherini Silberstein, in meno di 48 ore è stato processato il campione e ottenuta la sequenza grazie al lavoro di squadra, e in particolare della Dr.ssa Maria Concetta Bellocchi e dei giovani tesisti Greta Marchegiani e Daniele Stella.

Il risultato ottenuto ha mostrato SARS-CoV-2 con una variante Delta sublineage AY.4.

Da un’analisi più attenta, è stata identificata dal Dr. Mohammad Alkhatib una delezione poco frequente in posizione 214-215 del Nucleocapside (vedi figura), che potrebbe avere determinato il risultato parzialmente negativo al test diagnostico. Come nella variante omicron, anche la variante Delta sublineage AY.4 può presentare una delezione atipica nel gene N che merita attenzione, perché potrebbe avere ripercussioni nell’esito e interpretazione dei test diagnostici.

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Questo aspetto verrà approfondito al più presto, aggiunge la Prof.ssa Ceccherini Silberstein, attraverso studi collaborativi all’interno del progetto di ricerca “EuCARE: European cohorts of patients and schools to advance response to epidemics”, a guida italiana, dedicato a chiarire alcuni degli aspetti cruciali e più dibattuti dell’epidemia da SARS-COV-2, come l’impatto delle varianti ai test sierologici e/o molecolari e ai vaccini attualmente in uso (https://www.euresist.org/eucare).

Redazione NurseTimes

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